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書目按照年份排序
1987
台灣史研究暨史料發掘研討會論文集
1992
台灣歷史上的土地問題
1993
One Thousand Westerners in Taiwan, to 1945
臺灣平埔族文獻資料選集——竹塹社（上下）
1994
Foreign Adventurers and the Aborigines of Southern Taiwan, 1867-1874.
1995
臺灣商業傳統論文集
平埔研究論文集
1997
臺灣史研究一百年：回顧與研究
台灣歷史圖說（史前至一九四五年）
台灣民間信仰研究書目
清末臺灣海關歷年資料（Ⅰ、Ⅱ）
走過兩個時代的人──台籍日本兵
1999
Aborigines of South Taiwan in the 1880s
2001
灌園先生日記（三）一九三○年
平埔族群與臺灣歷史文化論文集
契約文書與社會生活（1600-1900）
灌園先生日記（二）一九二九年
福爾摩莎考察報告（臺灣史料叢刊3）
灌園先生日記（四）一九三一年
威權體制的變遷解嚴後的臺灣
臺灣總督田健治郎日記（上）
2002
福爾摩莎及其住民（臺灣史料叢刊4）
蘭大弼醫生口述歷史
臺灣總督府數位化檔案整理紀要
臺灣社會生活文書專輯（臺灣史料叢刊5）
2003
灌園先生日記（五）一九三二年
灌園先生日記（六）一九三三年
2004
灌園先生日記（十）一九三八年
灌園先生日記（一）一九二七年
灌園先生日記（八）一九三五年
孤拔元帥的小水手（臺灣史料叢刊6）
灌園先生日記（七）一九三四年
灌園先生日記（九）一九三七年
災難與重建：九二一震災與社會文化重建論文集
2005
外國冒險家與南臺灣的土著，1867-1874：1874年日本出征臺灣前後的西方文獻（臺灣史料叢刊8）
鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（1895-1897）
簡吉獄中日記
臺灣史研究第12卷第1期
臺灣史研究文獻類目2004年度
2006
臺灣總督田健治郎日記（中）
灌園先生日記（十一）一九三九年
古典日文解讀法
灌園先生日記（十二）一九四○年
臺灣總督府公文類纂研讀班通訊（第1-6冊合訂本）
大崗山地區古契約文書匯編
2007
臺灣史研究第14卷第1期
臺灣史研究文獻類目2006年度
坐擁書城：賴永祥先生訪問紀錄
灌園先生日記（十三）一九四一年
台籍日本兵座談會記錄并相關資料
臺灣史研究第14卷第2期
灌園先生日記（十四）一九四二年
2008
黃旺成先生日記（二）一九一三
灌園先生日記（十五）一九四三年
楊雲萍文書資料彙編目錄
恩典之美：高慈美女士圖像史料選輯
臺灣史研究第15卷第4期
臺灣史研究第15卷第2期
代書筆、商人風：臺灣善化百歲人瑞孫江淮檔案特藏展手冊
地方菁英與臺灣農民運動
黃旺成先生日記（一）一九一二
臺灣史研究第15卷第3期
灌園先生日記（十六）一九四四年
臺灣史研究文獻類目2007年度
日記與臺灣史研究：林獻堂先生逝世50週年論文集（上下）
2009
臺灣史研究文獻類目2008年度
國家與原住民：亞太地區族群歷史研究
海、河與臺灣聚落變遷：比較觀點
臺灣史研究第16卷第2期
臺灣口述歷史書目彙編（1953-2009）
黃旺成先生日記（四）一九一五
黃旺成先生日記（三）一九一四
杜香國文書資料彙編目錄
臺灣史研究第16卷第4期
臺灣總督田健治郎日記（下）
黃旺成先生日記（五）一九一六
臺灣史研究第16卷第3期
2010
曹永和院士訪問紀錄
臺灣日記特展手冊
臺灣史研究第17卷第4期
黃旺成先生日記（七）一九一九
臺灣史研究文獻類目2009年度
臺灣史研究第17卷第3期
臺灣共產主義運動與共產國際（1924-1932）研究‧檔案
灌園先生日記（十八）一九四六年
臺灣史研究第17卷第2期
向左轉！臺灣農民組合與臺灣共產運動檔案特展手冊
臺灣史研究第17卷第1期
灌園先生日記（十七）一九四五年
黃旺成先生日記（六）一九一七
2011
臺灣史研究文獻類目2010年度
灌園先生日記（十九）一九四七年
灌園先生日記（廿一）一九四九年
臺灣史研究第18卷第3期
臺灣史研究第18卷第2期
灌園先生日記（廿十）一九四八年
臺灣史研究第18卷第4期
流轉年華：臺灣女性檔案百年特展圖錄
族群、歷史與地域社會：施添福教授榮退論文集
國策會社與殖民地邊區的改造：臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營（1936-1945）
2012
灌園先生日記（廿三）一九五一年
臺灣史研究文獻類目2011年度
災後十年：九二一地震口述訪問紀錄
臺灣史研究第19卷第3期
臺灣史研究第19卷第4期
黃旺成先生日記（十）一九二三
黃旺成先生日記（八）一九二一
灌園先生日記 （廿四）一九五二年
比較視野下的臺灣商業傳統
灌園先生日記（廿二）一九五○年
臺灣史研究第19卷第2期
臺灣史研究第19卷第1期
黃旺成先生日記（九）一九二二
2013
臺灣史研究第20卷第4期
臺灣史研究第20卷第1期
黃旺成先生日記（十一）一九二四
邊區歷史與主體性形塑
臺灣史研究文獻類目2012年度
時空旅行展覽手冊
光復臺灣與戰後警政：「臺灣警察幹部訓練班」口述訪談紀錄
臺灣史研究第20卷第3期
黃旺成先生日記（十二）一九二五
灌園先生日記 （廿七）一九五五年
灌園先生日記 （廿六）一九五四年
晚清臺灣番俗圖
灌園先生日記 （廿五）一九五三年
臺灣史研究第20卷第2期
局開新境：臺灣史研究所二十年
2014
臺灣史研究第21卷第3期
一輩子針線，一甲子教學：施素筠女士訪問紀錄
楊水心女士日記（二）一九三０
堤林數衛關係文書選輯
臺灣歷史的多元傳承與鑲嵌
臺灣史研究第21卷第2期
光影旅行者：陳澄波百二互動展展覽紀要
日治時期臺灣人在滿洲國的生活經驗
黃旺成先生日記（十三）一九二六
臺灣史研究第21卷第4期
臺灣史研究第21卷第1期
臺灣史研究文獻類目2013年度
楊水心女士日記（一）一九二八
2015
臺灣史研究第22卷第3期
臺灣史研究第22卷第1期
The Diary of George Leslie Mackay, 1871-1901馬偕日記
乙未之役隨軍見聞錄
楊水心女士日記（三）一九三四、一九四二年
紫線番界：臺灣田園分別墾禁圖說解讀
方輿搜覽：大英圖書館所藏明清輿圖
茶苦來山人の逸話：三好德三郎的臺灣記憶
臺灣史研究第22卷第4期
臺灣史研究第22卷第2期
臺灣史研究文獻類目2014年度
保密局臺灣站二二八史料彙編（一）
黃旺成先生日記（十五）一九二八
陳何女士助產學筆記（日文校勘版）
黃旺成先生日記（十四）一九二七
獄外之囚：白色恐怖受難者女性家屬訪問紀錄
浦薛鳳子女海外書簡（臺灣史料叢刊14）
奔流：林瑞明教授訪問紀錄
2016
臺灣史研究第23卷第1期
臺灣史研究第23卷第2期
實穗：臺灣數位典藏成果永續經營（2013─2015）
臺灣史研究文獻類目2015年度
駐臺南日本兵一九○四年日記
臺灣史研究第23卷第4期
黃旺成先生日記（十六）一九二九
陳何女士助產學筆記（中文解讀版）
臺灣史研究第23卷第3期
二二八事件期間上海、南京、臺灣報紙資料選輯（上下冊）
保密局臺灣站二二八史料彙編（三）
吳嵩慶日記（一）1947-1950
陳懷澄先生日記（一）（一九一六年）
籾山衣洲在臺日記 1898-1904
大正十三年治安警察法違反事件豫審記錄【六然居典藏史料彙刊第三輯】（臺灣史料叢刊20）
保密局臺灣站二二八史料彙編（二）
2017
臺灣史研究文獻類目2016年度
臺灣重建協會與二二八事件文書（全三冊）
保密局臺灣站二二八史料彙編（五）
陳植棋畫作與文書選輯
保密局臺灣站二二八史料彙編（四）
陳何女士助產學筆記（日文校勘暨中文解讀合刊版）
林紀堂先生日記：一九一五—一九一六年
黃旺成先生日記（十八）一九三一
葉盛吉日記（二）1941
陳懷澄先生日記（二）（一九一八年）
臺灣史研究第24卷第2期
臺灣檔案學研究回顧暨書目彙編（1946-2016）
七十年後的回顧：紀念二二八事件七十週年學術論文集
禮密臣臺灣資料選集
臺灣史研究第24卷第3期
陳岑女士日記：一九二四年
臺灣史研究第24卷第4期
臺灣史研究第24卷第1期
葉盛吉日記（一）1938-1940
西港仔刈香： 一個傳統王醮的數位紀錄
2018
戰後臺灣的金融改革與發展
葉盛吉日記（五）1944.7-12
臺灣史研究第25卷第1期
地輿縱覽：法國國家圖書館所藏中文古地圖
黃旺成先生日記（十九）一九三三
陳懷澄先生日記（三）（一九一九年）
日本統治時代的臺灣：俄文史料與研究
黃旺成先生日記（十九）一九三三
臺灣史研究第25卷第3期
葉盛吉日記（四）1944.1-6
臺灣史研究文獻類目2017年度
臺灣史研究第25卷第2期
雙城舊事：近代府城與臺北城市生活記憶口述歷史
日本殖民統治下的底層社會：臺灣與朝鮮
臺灣史研究第25卷第4期
葉盛吉日記（三）1942-1943
2019
臺灣史研究第26卷第3期
臺灣史研究第26卷第2期
臺灣史研究第26卷第4期
黃旺成先生日記（二十）一九三四
葉盛吉日記（六）1945
臺灣史研究第26卷第1期
陳懷澄先生日記（四）（一九二Ｏ年）
葉盛吉日記（八）1948-1950
葉盛吉日記（七）1946-1947
2020
陳懷澄先生日記(五)(一九二一年)
日治時期在南洋的臺灣人
承擔家變：白色恐怖下的朴子張家
田庄人的故事（一）臺灣農村社會文化調查計畫口述歷史專輯
話當年父兄蒙難：受難者家屬記憶中的白色恐怖
白色記憶：政治受難者及家屬訪談紀錄
臺灣體育史：日治時期（上下冊）
走過白色幽暖：1960、1970年代政治案件訪問紀錄
保密局臺灣站白色恐怖史料彙編（一）
陳懷澄先生日記(六)(一九二二年)
田庄人的故事（二）臺灣農村社會文化調查計畫口述歷史專輯
郭淑姿日記（二）1951-1953
郭淑姿日記（一）1944-1950
穿過白色濃霧：1950年代政治案件訪問紀錄
視覺臺灣：日本朝日新聞社報導影像選輯
黃旺成先生日記（廿一）一九三五
2021
陳懷澄先生日記(七)(一九二四年)
保密局臺灣站白色恐怖史料彙編（二）
從臺灣與朝鮮反思日本的殖民統治
圓滿人生：臺北第一高女陳瑳瑳女士訪問紀錄
黃旺成先生日記（廿二）一九三六
田庄人的故事（三）臺灣農村社會文化調查計畫口述歷史專輯
臺灣地方志研究（1999-2020）
葉盛吉畢業論文與創作集
我的回憶：台魂淚（二）
葉盛吉獄中手稿與書信集
中研院臺灣史研究所檔案典藏與數位系統
我的半生記：台魂淚（一）
2022
Selden Map與東西洋唐人 : 地理知識與世界景象的探索（1500-1620）
我們的遭遇：台魂淚（三）
近代初期臺灣的海與事
警察吉岡喜三郎日記選輯
2023
學海悠遊：黃富三先生訪問紀錄
2024
南方．島嶼．人文：中研院南部院區檔案首展圖錄
季節圖鑑：呂赫若新出土作品集
冷戰下的「臺灣研究」：北美人類學家訪問紀錄
查某官个代誌：耄耋女性的人生
